Мелкомасштабные физические карты

К ним относят хромосомные и карты кДНК ("к" значит "кодирующей").

Хромосомное картирование довольно грубо, но имеет смысл, когда нужный ген держат, что называется, в руках: известна его структура, он химически выделен, но неизвестно, где он "сидит". Тогда хромосомы, извлеченные из ядра клетки во время ее деления (когда они толстые и хорошо различимы), обрабатывают особыми красителями, придающими им "полосатость": получаются так называемые бэнды – разноокрашенные участки хромосом. Искомый ген размножают в пробирке и при этом метят его копии, подменяя, например, водород тритием. За таким радиоактивным зондом очень удобно следить: если подмешать его к препарату хромосом и выдержать некоторое время, он химически свяжется с определенным бэндом определенной хромосомы, встав "на свое место" (это называется "гибридизация in situ", т.е. "на месте"). Так были картированы гены альбумина, коллагена, гормона роста и некоторые другие.

Средний размер бэнда – около 10 Мб: такова и точность хромосомной карты. Правда, позднейшее усовершенствование – гибридизация с флуоресцентной меткой (FISH – fluorescent in situ hybridization) – повысило разрешение до 5-2 Мб. Более того, разработан даже метод гибридизации меченых генов с хромосомами, извлеченными из ядра неделящейся клетки – и значит, де конденсированными, "развинченными", а не упакованными в компактные образования. В итоге удалось локализовать участки до 0,1 Мб.

Карты кДНК отражают расположение экспрессирующихся нуклеотидных последовательностей. По-русски это означает следующее. Допустим, в клетке активно работает, производя белок, некий ген. Что за ген – неизвестно. Где он – тоже. Тогда пользуются тем обстоятельством, что при синтезе белка в клеточном ядре сначала "штампуются" молекулы мРНК – точные копии работающего гена ("м" – матричные). Сей промежуточный продукт можно выловить из клетки и размножить в пробирке, пометив тритием либо радиоактивным фосфором. А дальше все как при хромосомном картировании: зонд пристроился к участку N – значит, экспрессия шла здесь и, следовательно, здесь расположен ген, кодирующий данный белок.